Матишов Геннадий Григорьевич в 1967 году закончил Ростовский государственный университет по специальности «географ-геоморфолог». В 1967 г. Г. Г. Матишов поступил в заочную аспирантуру РГУ. В январе 1973 г. он успешно защитил кандидатскую диссертацию «Геоморфология материкового склона Норвежско-Гренландского бассейна и Северо-Западной Атлантики». С 1973 по 1979 г. руководил лабораторией морской геологии ПИНРО.
В декабре 1980 г. в Московском государственном университете им. М. В. Ломоносова Г.Г. Матишов защитил докторскую диссертацию «Гляциальный и перигляциальный рельеф дна океана» по вопросам морской палеоокеанологии, биогеографии и проблемам океанического рыболовства.
В июне 1981 г. назначен директором Мурманского морского биологического института (ММБИ) Кольского научного центра РАН. В дальнейшем Г. Г. Матишов освоил новый важный участок академической науки, связанный с изучением природной среды, социально-экономических и политических процессов на Юге России. Незаурядные организаторские способности Г. Г. Матишова способствовали созданию и успешному развитию под его руководством Южного научного центра РАН (ЮНЦ). Возникла острая потребность в объединении науки Юга России под эгидой Российской академии наук. Таким объединяющим центром и стал ЮНЦ. Сейчас членами Президиума ЮНЦ РАН являются 6 действительных членов и 5 членов-корреспондентов РАН.
С 2006 года Матишов Г.Г. стал организатором и научным руководителем Института социально-экономических и гуманитарных исследований Южного научного центра РАН. Ученые ЮНЦ ведут комплексные исследования среды и биоты в Азовском, Чёрном и Каспийском морях.
Геннадий Григорьевич также активно участвует в жизни села Кагальник Ростовской области. Под его началом была построена мощная научно -экспедиционная база ЮНЦ, Музей казачества, этнографии и культуры Приазовья.
Г. Г. Матишов — автор более 1000 публикаций теоретической и научно-практической направленности. Изложенные в них разработки, положения и теоретические взгляды вошли в справочные и учебные пособия и широко цитируются в литературе.
За большой вклад в развитие науки Г.Г. Матишов в 2010 году был награжден орденом "За заслуги перед Отечеством" IV степени. Неоднократно поощрялся государственными и ведомственными наградами, среди них: орден Дружбы (2016), орден "За морские заслуги" (2004), орден "Почета" (1999), орден "Знак Почета" (1986), медаль "За морские заслуги в Арктике" Министерства обороны РФ (2014), медаль "300 лет Российскому Флоту" (1996), орден "За заслуги перед Ростовской областью" (2014), медаль "За профессиональную честь" за вклад в становление и развитие науки в Чеченской Республике (2014), благодарности и почетные грамоты федеральных и региональных органов государственной власти, полномочного представителя Президента РФ в ЮФО, глав регионов.