В 1996 году окончил Донской государственный аграрный университет по специальности «Ветеринария» с присвоением квалификации «Ветеринарный врач».
С 1996 по 1998 год обучался в заочной аспирантуре на кафедре микробиологии, вирусологии и патанатомии Донского государственного аграрного университета. В 2005 году окончил Донской госагроуниверситет по специальности «Экономика и управление АПК» с присвоением квалификации «Экономист». В 2007-2008 годах проходил обучение в Южном Федеральном университете на Президентской программе по подготовке управленческих кадров.
В 1998 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Стафилококкоз собак в условиях Ростовской области» по специальности 16.00.03- ветеринарная микробиология, вирусология, эпизоотология, микология с микотоксикологией и иммунология.
В 2008 году защитил докторскую диссертацию на тему «Интегрированная оценка адаптационных возможностей собак в раннем постнатальном онтогенезе при алиментарной депривации» по специальности 16.00.01- диагностика болезней и терапия животных, 16.00.02 – патология, онкология и морфология животных.
В 2011 году решением ВАК Минобрнауки России присвоено ученое звание профессора.
С 2016 года и по 2019 год- заведующий кафедрой Биология и общая патология ДГТУ.
В 2017 году был научным консультантом гранта №17-2-01558 «Животные делают нас добрее» Фонда президентских грантов.
С 2017 года на базе ДГТУ проводятся симпозиумы «Единое здоровье» и Южно-Российский международный ветеринарный конгресс с участием учёных России.

Участвовал в работе Специальной комиссии по предупреждению возникновения и ликвидации особо опасных и заразных болезней животных на территории Ростовской области, результатом стал цикл статей по региональным особенностям эпизоотической ситуации в регионе.
В 2019 году в составе научного коллектива выиграл мегагрант Правительства Российской Федерации на тему «Ветеринарные пробиотические препараты направленного модулирования здоровья животных» https://megagrant.ru/labs/lab_rus_74331/
2020 - руководитель гранта РФФИ Коронавирусы синантропной фауны юга России и риск межвидового переноса
коронавирусной инфекции
2023 - руководитель гранта РНФ 23-14-00316 Особенности иммунной системы и кишечной микробиоты синантропных рукокрылых как основа прогнозирования новых инфекций https://rscf.ru/project/23-14-00316/
Под руководством Ермакова А.М. защищены 5 диссертации на соискание ученой степени доктора и 15 диссертаций на соискание ученой степени кандидата биологических, сельскохозяйственных и ветеринарных наук.
За многолетний и добросовестный труд, достижения в научно-педагогической и практической деятельности, плодотворную общественную работу награжден государственными и ведомственными наградами: медалью ордена «За заслуги перед отечеством» II степени, Благодарностью Министерства сельского хозяйства России, является лауреатом премий Ассоциации практикующих ветеринарных врачей «Золотой скальпель» и «Статья года».