В 1972 году на факультете «Приборостроение» была создана кафедра «Прикладная математика и вычислительная техника» (ПМиВТ). Кафедра ПМ и ВТ была создана для чтения общеобразовательного курса «Вычислительная техника в инженерных и экономических расчетах» (ВТИЭР) для всех факультетов института и курса «Высшая математика» для факультета «Приборостроение». Кафедру возглавил доктор физико-математических наук, профессор Красовский Юрий Петрович. Основу кафедры составили преподаватели: кандидаты наук Виноградова И.Ю., Садовой Н.Н., Остроух Е.Н., Орлов В.В., Лисицкий О.Н., Коледов Л.В., Деундяк В.М., Гранков М.В., Толпинская Н.Б., Михайличенко В.Н., Румянцев А.Н., Коробейников А.П., Золотарев А.А., Георгиев К.А., Луконин Ю.А.; старшие преподаватели: Рубанчик В.Б., Мул А.П.; ассистенты: Захарова О.А., Колесникова О.В., Трущенко А.В., Шепилова Т.В. Заведующим лабораторией с самого первого дня создания кафедры работает Вовченко Л.А., инженерами в разное время работали: Валиков А., Нестеренко В.С., Богданова Н.Ю., Залужная Н.С., Залужный В.
В 1990 году кафедра ПМиВТ стала профилирующей и одной из первых на Юге России начала подготовку инженеров-программистов по специальности 220400 «Программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем».
В 1996 г. из кафедры ПМиВТ была выделена кафедра общей подготовки «Информатика», которую возглавил д.т.н., профессор Соболь Б.В., а сама кафедра переименована в «Программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем» (ПОВТиАС), которую возглавил доцент, к.т.н. Землянухин Валентин Никанорович.
В 1997 г. на кафедре ПОВТиАС были открыты еще две специальности: 010503 Математическое обеспечение и администрирование информационных систем (позже получившее код 02.03.03) и 090102 Компьютерная безопасность (позже выделенная в группу специальностей 10.03.00), а также начата подготовка бакалавров и магистров по направлению «Информатика и вычислительная техника».
В 2004г. кафедру возглавил д.т.н., профессор Нейдорф Р.А. С его приходом кафедра активизировала научно-исследовательскую работу в области информационных проблем управления. Профессор Нейдорф Р.А. с 1996 года возглавлял специализированный совет по защите диссертаций. Сначала это был кандидатский совет, но с 2001 года он был преобразован в докторский – Д 212.058.04. Приказом по ВАК РФ в нем разрешено защищать кандидатские и докторские диссертации по двум научным специальностям: 05.13.01 «Системный анализ, управление и обработка информации» и 05.13.06 «Автоматизация и управление технологическими процессами и производствами».
В 2010 году в университете был осуществлен первый набор по направлению 230100 подготовки бакалавров «Информатика и вычислительная техника». До этого времени кафедра выпускала бакалавров и магистров в ходе подготовки специалистов. С осени 2010 года началась интенсивная работа по разработке новых учебных планов по направлениям 010500 «Математическое обеспечение и администрирование информационных систем» и 231000 «Программная инженерия». Кафедра осуществила 1-й набор в бакалавриат по направлениям 230100 «Информатика и вычислительная техника» и 23100 «Программная инженерия», а также в магистратуру по направлению «Программная инженерия».
В 2019 году кафедрой лицензируется, а в 2020 году впервые производится набор на направление подготовки магистров 02.04.03 «Математическое обеспечение и администрирование информационных систем» по программе «Математическое обеспечение моделирования сложных процессов и систем».
В 2021 году в рамках университета кафедра стала участницей конкурса на предоставление грантов на разработку программ бакалавриата и магистратуры по профилю «искусственный интеллект». Первый набор магистрантов по направлению 02.04.03 «Математическое обеспечение и администрирование информационных систем» и программе «Искусственный интеллект в обработке и анализе изображений» ожидается летом 2022 года.