Общий трудовой стаж исчисляется с 1987 г. (АзНИИРХ, РосрыбНИИпроект, Центральная производственная станция по акклиматизации и борьбе с болезнями рыб (ЦПС). В Южном научном центре РАН работает с мая 2005 г. на должности ведущий научный сотрудник отдела морских и экосистемных исследований, и.о. зав.лаб. ихтиологии.
Специалист в области паразитологии, болезней рыб, ихтиопатологии, аквакультуры. Владеет методиками паразитологического анализа рыбы, диагностики паразитарных заболеваний рыб, эпизоотической оценки водоема. Участвовала в разработке инструкций и наставлений по борьбе с заболеваниями рыб в рыбоводных хозяйствах юга России. Под ее руководством разработаны методики использования лекарственных препаратов для профилактики и лечения паразитарных и бактериальных заболеваний рыб, получены патенты и заявки на изобретения, проведен анализ риска возникновения заболеваний осетровых рыб в аквакультуре юга России.
С 1987 по 2005 гг. работала в лаборатории болезней рыб сначала АзНИИРХ, затем после реструктуризации КрасНИИРХ и РосрыбНИИпроект младшим, научным и старшим научным сотрудником. Возглавляла ростовское отделение ЦПС.
А.В. Казарникова является членом Межведомственной ихтиологической комиссии (МИК), Совета по болезням рыб; региональным представителем от России в европейской ассоциации ихтиопатологов (EAFP). Сфера научных интересов: паразитология, болезни рыб, аквакультура, охрана окружающей среды. Научное сотрудничество с АзНИИРХ, ВНИРО, Ун-том Удинэ (Италия). Оказываются практические консультации рыбоводным предприятиям юга России.
Является автором и соавтором более 200 научных публикаций в области паразитологии, ихтиопатологии, аквакультуры. Пять монографий (издательство ВНИРО, ММБИ, КНЦ РАН, ЮНЦ РАН) написаны в соавторстве с Академиком Г.Г.Матишовым, проф. Е.Н.Пономаревой, канд. биол. наук Е.В.Шестаковской, 3 являются коллективными монографиями. Имеются публикации в центральных и зарубежных изданиях (Web of science, Scopus), одна из последних (Abiotic factors and mixed bacterial infections caused mortality in reared Lena sturgeon (Acipenser baerii), Bulletin of the European Association of Fish Pathologists издана в 2015 г в Великобритании. За последние пять лет опубликовано 45 работ. Из них 13 из списка ВАК – в журналах «Ветеринария», «Рыбное хозяйство», «Известия вузов. Северо-Кавказский регион», «Наука юга России». В печати находится одна коллективная монография и статья в бюллетене EAFP (европейской ассоциации ихтиопатологов). Является соавтором пяти патентов (2004, 2005, 2008, 2012).
Непосредственно участвует в выполнении НИР по программам фундаментальных исследований РАН и др. Участвовала в подготовке специалистов с высшим образованием в области зоологии. Принимала участие в учебной работе биолого - почвенного факультета Южного Федерального Университета (каф. зоологии): чтение лекций, проведение практических занятий, ДГТУ: экология (лекции и практические занятия). Является членом диссертационного совета ЮФУ по специальности экология.