УЦОТ создано в результате реорганизации на базе Управления электронного обучения в соответствии с приказом от 28.12.2018 г. № 308 «О реорганизации структурных подразделений». Отдел автоматизации образовательной деятельности УЦОТ расформирован согласно приказу ректора от 22.05.2023 г. № 153. Приказом ректора от 30.06.2023 г. сектор оценочных средств, сектор внедрения разработок и систем, входящих в состав отдела сопровождения дистанционного образования, расформированы. Приказом ректора от 30.06.2023 г. № 198 отдел образовательной логистики выведен из состава Управления трансформации образования и введен в состав УЦОТ, сектор организации учебного процесса выведен из состава учебного отдела и введен в состав отдела образовательной логистики УЦОТ. Данным приказом сектор организации учебного процесса переименован в сектор ресурсного обеспечения образовательной деятельности.